Pembangunan benteng dilakukan di Mataram oleh perintah dari Sutawijaya. Dengan sibuk mendirikan benteng, ia lupa sobo ke Pajang. Sutawijaya memang segan untuk tunduk pada Pajang, tapi dia masih takut pada Adiwijaya. Ki Juru Martani membujuk agar Sutawijaya mau sobo ke Pajang. Tapi Sutawijaya tidak memperdulikannya, bahkan Sutawijaya memerintahkan rakyat Mataram untuk mencegat orang-orang Kedu dan Bagelan yang membawa upeti untuk Pajang. Malah Sutawijaya yang menerima upeti dan mengajak mereka berpesta. Mendengar hal tersebut, Adiwijaya merasa marah dan beliau mengirimkan Ki Wilamarta dan Wuragil untuk memanggil Sutawijaya dengan pesan agar Sutawijaya berhenti makan minum dan mencukur rambutnya. Tapi dengan bengalnya Sutawijaya menjawab “katakana pada sultan Pajang bahwa aku masih doyan makan dan minum, tentang perintah cukur, katakana bahwa rambut itu tumbuh sendiri. Tentang sobo, katakana bahwa saya akan datang menghadap!”. Adiwijaya merasa sangat marah pada sikap Sutawijaya, tapi hal ini tidak membuat Adiwijaya berniat langsung menggempur Mataram. Lalu dipihak lain Raden Pabelan, putra bupati Mayang ketahuan mesum dengan putri sekar kedaton. Lalu mendapat hukuman mati dan dibuang ke Semarang. Mendengar hal tersebut Sutawijaya tidak terima bahwa iparnya akan dihukum mati. Lalu Sutawijaya mwngirimkan pasukan untuk mencegat dan membawa pulang Raden Pabelan.
Adiwijaya murka terhadap tindakan Sutawijaya, perang harus dilakukan, Mataram akan digempur oleh Pajang tahun 1582. Tetapi pasukan Pajang yang dipimpin Adiwijaya terhenti di Prambanan karena Adiwijaya sakit. Pasukan diperintahkan pulang ke Pajang, tetapi di buntuti oleh Sutawijaya dan pasukannya. Akhirnya mereka semua dihancurkan. Selepas Adiwijaya sakit, lalu sultan Adiwijaya meninggal. Dan kembali terjadi keributan tahta, pangeran Benowo yang merupakan putra Adiwijaya mungkin bisa menjadi sultan, tapi dia hanyalah putra dari selir atas perkawinannya dengan putri Trenggana, Adiwijaya memiliki seorang putri yang dinikahi oleh adipati Demak.
Atas usulan dari Sunan Kudus, adipati Demak mendapat tahta atas Demak. Sedangkan Benowo menjadi adipati Jipang. Benowo merasa diperlakukan tidak adil, dia meminta bantuan kepada Sutawijaya untuk menyerang adipati Demak sehingga kekuasaan Pajang ada pada tangannya. Sutawijaya mengiyakan dengan perjanjian antara mereka berdua yaitu semua hak dari Benowo akan diberikan kepada Sutawijaya. Akhirnya adipati Demak dapat diringkus dan dipulangkan ke Demak. Mulai saat itu Pajang mengalami kekosongan kekuasaan, Sutawijaya yang berhak atas Pajang tidak mau menetap di Pajang karena dia juga sudah memiliki keraton sendiri di Mataram.
Akhirnya Pajang ditinggalkan dan tidak diurusi lagi, Benowo menjadi bawahan dari Sutawijaya. Dan Sutawijaya menjadi sultan di Mataram. Mataram merdeka dan menjadi kasultanan yang berdaulat pada tahun 1586 dengan sultannya yaitu Sutawijaya dengan gelar Senopti Ing alaga Saidin Panatagama atau kadang disebut Panembahan Senopati. Berakhirlah Pajang dan dimulainya pemerintahan Mataram Islam.